南京大学深圳研究院是南京大学为推进区域科技经济发展、服务社会于2000年经深圳市人民政府批准，在深圳独立开办的集产、学、研、资、介于一体的高层次人才培养、科技开发及成果转化的事业法人单位，是南京大学人才培养、成果转化及技术转移、技术研发与科技创新在珠三角地区的延伸。
深圳研究院依托南京大学雄厚的科研实力和优质的教育资源，集成社会资源，在人才培养、科技进步、社会和谐、科学发展方面坚持以服务为宗旨，在贡献中发展，在研发、教育、成果孵化、基础建设等各项工作都取得了长足进步，为深圳建设国家创新型城市提供人才支撑和智力支持。连年被政府部门评为优秀研究院。
研究院开办有研究生课程班、远程网络教育、职业资格培训、企业订单培训、公务员培训，举办院士报告、专家讲座、专业技术论坛等，建立了多层次人才培训平台。在新材料、电子信息、生物医药、精细化工和资源环境领域中进行成果转化及技术转移，成效显著。设有南京大学近代声学教育部重点实验室深圳研发中心、南京大学计算机软件工程中心深圳研发中心、深圳市舆情调查与危机管理研究中心、、国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心深圳分中心（国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术中心深圳研发中心）等科研机构和专业服务平台，承担多项各级科技计划项目，举办多届国际性学术会议。
在深圳市高新区拥有约3.5万平方米建筑规模的南京大学深圳产学研基地，通过引进南京大学的原创性成果，促进与深圳业界合作，利用深圳的政策、资金、市场等资源转化科技成果，努力成为新技术、新产品和新企业的源泉。重点在电子通信、物联网、声学、环保、计算机软件领域创新模式做出特色，打造亮点。努力把基地建设成为南京大学在深圳的科研成果转化基地、科研项目研发基地、南方合作教育培训基地、高新科技企业孵化基地和国际文化交流基地。
