广州佰仟万企业孵化器项目自2013年4月成立之后，确定了服务输出为企业未来重点盈利模式，即合作方聘请佰仟万企业孵化器进入其孵化产业园区进行运营服务，同时合作方支付佰仟万企业孵化器服务运营费用。其盈利模式还包括产业链的建设，从而打造一个无论任何业务均可承接的项目服务载体。同时也填补了现有孵化器产业园区只出租场地，不提供创业指导与服务的市场空白，真正做到服务型的孵化器理念。
佰仟万企业孵化器将其超前的管理和运营模式运作标准化，在2013年年末得到了共青团广州市委员会的高度认可，同时将佰仟万企业孵化器的运营服务模式定为广州市孵化器运营服务的执行标准，并决定联手佰仟万企业孵化器打造广州青年孵化基地，旨在2014年内打造一个广州市孵化器的运营模范基地。在与广州团市委展开深度合作的同时，广东省团委与团中央也多次来访基地进行视察工作，对孵化基地各方面的建设工作和运营模式大加赞赏，并表示要坚持将这种超前的运营管理模式推广使用，促进企业孵化器行业的健康发展，全力打造出一个企业孵化器的模范单位。
