Event DetailsHide...More...

单细胞测序与空间转录组数据挖掘课题设计培训班

各企事业单位、高等院校及科研院所：

近年来，单细胞测序研究空前火热，重磅研究成果频出，越来越多的科研工作者开始使用单细胞测序这一基因表达研究利器。单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行的研究。通过全基因组或转录组扩增，进行高通量测序，能够揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态，反映细胞间的异质性。相比于群体细胞测序，更适用于解决少量特殊样本的研究、异质性群体的分析及同时或互斥发生的基因组变化的查找等问题。单细胞测序技术在肿瘤、发育生物学、微生物学、神经科学等领域有重要应用，是现今生命科学研究的焦点。

为了让更多的科研人员及时全面的掌握单细胞测序技术，并应用到相应的领域研究中，特举办“单细胞测序数据挖掘与课题设计培训班”

本次培训由北京仕而优教育科技集团有限公司具体承办，相关事宜通知如下：

一、培训目标：

1、了解单细胞测序基本概念及原理

2、了解单细胞测序分析的数据分析及研究思路

3、学会R语言基本语法和绘图技巧,并用R代码进行单细胞转录组分析

4、掌握和利用单细胞测序技术进行具体工作的开展等

二、主讲专家：

高级生物信息工程师，长期从事分子生物学专业研究，擅长生物信息数据分析，包括基因组组装，变异检测分析，单细胞测序，宏基因测序，精通linux系统，R语言，python语言等。

三、时间地点:

2021年11月04日—2021年11月07日 远程在线直播

2021年11月04日—2021年11月07日北京

(第一天报到, 授课三天)

四、课程体系

理论讲解及实战（上机实践）

一、单细胞测序技术与应用	1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍。 2. 单细胞测序技术在科研领域的应用。 3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析。 4. 单细胞文章常见图表解读。 5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路。
二、Linux及R语言入门与实操	1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。 2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。 3. R语言语法介绍及常用命令。 4. 数据处理功能及统计应用。 5. R语言画图实操：tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。
三、单细胞转录组数据分析思路及流程	1. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等）。 2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数。 3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析。 4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。 5. 基因富集分析和可视化。
四、单细胞数据可视化、细胞分型及marker鉴定	1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。 2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。 3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。 4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。 5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析。
五、单细胞数据轨迹分析，功能富集	1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。 2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析。
六、单细胞数据挖掘	1. 单细胞数据分析总结。 2. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路。 3. 单细胞测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。
辅助课程	单细胞测序，空间转录组等疑难解答、分组讨论；学后交流、微信群、QQ群建立；